大脑认知还有一个毛病，大脑认知会产生人我执和法我执。因为大脑属于个体，认知独立唯一，具备了人我执的属性。
什么意思呢？你是一个个体，你只有一个大脑，因此，任何时候，你都会有意无意地保护大脑。你爹妈打你，你一定会去抱着头，不会捂着心；炸弹爆炸的时候，蹲地上时，也是抱着头；在飞机上，当飞机发生比较严重的颠簸时，乘客都会下意识地去护头。你一定要保护这个唯一的大脑。除了这个大脑，你没法外挂一个大脑。
大脑认知会认为它是一个独立、唯一的东西，这恰恰是人我执的属性。不仅如此，，它还会认为其认知力是不变的。尽管其认知的功能会提升，但它认为始终是有个“我”在认知，这种感受是不变的，这是人我执的一种属性。也就是说，大脑认知有产生人我执的这种基础条件。
大脑认知认为外境不同于大脑，是独立于大脑的一种存在，有法我执的属性。
站在大脑认知的立场而言，大脑去认知外境的时候，我们不会认为外境就是大脑；而站在心识认知的角度而言，尽管我们会说“一切境相都是心”，但我们绝不会认为“外境都是我的大脑”。其实，即便从大脑认知的角度来说，比如我们所看到的所谓外境，也只是眼睛所采集的视觉信息，经过传输后，在后丘脑的成像。尽管，这个过程从头东尾，没有你想象的那么一个真实的大脑存在，但你还是会坚挺地认为有个真实的大脑，外境是个客观的外境，而且跟这个大脑不一样，这样一来，法我执就出来了。只要一客观，就是法我执。这也正是大脑认知为什么会有人我执和法我执的原因。
大脑认知必定认为大脑一旦死亡，生命便会随之结束，因此不相信轮回。由于大脑认知无法看到心相续的作用，所以只相信物理层面的因果，不相信心之因果。
现在医学上认为人的死亡是什么？脑死亡，脑电波不动了，所以死了。我们认为大脑认知活动的终止，谓之为死亡。而且，死亡以后绝对不可能再重新用这个大脑进行认知，这就成了生命的结束，不会再来，所以不相信有轮回。这个道理非常简单。
大脑认知也没办法看到心相续的作用。因果是心相续的作用。我们用射电望远镜能看到因果吗？这不太现实的，至少现在还没有这样的仪器；那科技继续发展下去，以后是否能发明出一种可以看到前世的仪器呢？这个不太可能！
所以，大部分人只相信物理层面的因果，这也是为什么我们现在极尽所能地研究物理、计算机的原因。物理层面的因果，人们看得到，但心的因果，人们看不到，所以自然也就也不会相信，这是大脑认知的特点。
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